台灣的寺廟內除了主神之外，也會因為某些因素加奉其他神明。通常都是以佛教神(如觀世音菩薩、彌勒佛)為主，有些則祭祀偉人(如宜蘭昭應宮，祭拜對地方建設有功的三大老)，在西門的台北天后宮也是如此，但特別的是此廟供奉著在台灣很少見的日本空海(くうかい)大師。

空海，在日本人稱弘法大師，是日本派遣至唐國學習佛法的僧人，在長安的青龍寺學習密教。天資過人的他，只花兩年就完成密教的鑽研，攜帶了大量的經典與法器回到日本，創立了真言宗。空海所創的真言宗，與另一位佛教大師－最澄所創的天台宗，是當時很潮的新興宗教，連嵯峨天皇都接受了空海大師的灌頂並獲得到賜地，在京都建立了東寺，以及在高野山打造了真言宗的道場。

真言宗繼承了在中國斷絕的密教法脈，空海發展出具有經驗主義特徵的修行方式，像是透過念真言、結印、觀想曼陀羅等三密，來達到即身成佛的境界。而空海大師對佛教與文化的超人貢獻，在他圓寂之後也形成的獨樹一格的「大師信仰」。大阪就有這樣一句俗諺：「病弘法、欲稻荷」。求身體健康就找大師，想賺錢就拜稻荷大神吧。

當時間來到19世紀，台灣成為日本殖民地之後，真言宗也來到台北。在本山高野山金剛峰寺出資，於西門町設立了新高野山弘法寺，作為真言宗在台灣的布教所。當時該派的傳教事業辦得不錯，陸續設立了旅社、婦人會、講習所等等社會事業。不過，真言宗的日本風格濃厚，在台灣的信徒組成幾乎是內地人。這也為戰後的風雲變色埋下了伏筆…

在過去的艋舺，龍山寺、清水巖祖師廟、新興宮媽祖廟三間香火旺盛的寺廟，合稱「艋舺三大廟門」。其中新興宮所祭祀的媽祖，原為多年前自中國來台貿易的商人，船上所供俸的守護神。某次商人在台灣處理完業務後，正準備啟航返國，卻遲遲無法順利。後來請示神明旨意，似乎是媽祖希望留在台灣，於是將神尊請上岸後船隻才順利出航。

香火鼎盛的新興宮，卻在日本統治下遭逢劫難。在昭和10年，太平洋戰爭越打越激烈，米軍對台灣的空襲次數也越來越頻繁。日本政府為此計畫開闢防空道路，拓寬狹窄的街道。新興宮就因此而遭到強制拆除，神像則移到龍山寺後殿暫奉。雖是戰時非常手段，舊建築被”文創”依然是相當可惜。

終戰之後，日本人被引揚回國，原本位於西門町的弘法寺也頓時失去信徒而廢寺。眼看著這棟精美的佛寺荒廢，台灣信徒們認為這正是個良好的神殿，便將新興宮的媽祖迎至此處祭祀。原本的日式樸素佛堂，轉變為台灣風情的媽祖廟，是個很有趣的組合。

然而，躲過了台北大空襲的寺院卻還是難逃火難。1953年寺廟後方的國際大舞廳失火，火勢蔓延到媽祖廟的木造建築，戰前的日式建築付之一炬。但幸好媽祖像、大師像與卷軸等古物及時搶救，並未毀損。但缺乏經費的廟宇，直到六年後才重建成今天的規模。